Née en 1966 à Perpignan, Marie-José Malis est ancienne élève de l'École normale supérieure-Ulm et agrégée de Lettres modernes. En 1990, elle effectue un stage de mise en scène auprès de Jacques Nichet au Théâtre des Treize-vents sur le spectacle Monstre Aimé de Javier Tomeo. Puis, de 1990 à 1993, elle anime à titre de metteur en scène la compagnie de théâtre amateur La Réplique, qui se consacre à une activité de théâtre itinérant dans le département des Pyrénées-Orientales. Dans ce cadre, elle assure la mise en scène des trois spectacles qui jalonnent l'existence de la compagnie : Amphitryon de Molière (1992), La Mégère apprivoisée de Jacques Audiberti (1991) et Jeppe du Mont de Holdberg (1990). En 2000, elle crée au sein de l'université de Perpignan une licence professionnelle de théâtre, et enseigne entre autres au théâtre de l'université Paul Valéry de Montpellier, et à l'Université d'Aix en Provence.

C’est en 1994 qu’elle fonde avec Olivier Szulzynger et Pascal Batigne la compagnie La Llevantina, conventionnée par le ministère de la Culture, dont elle est la directrice artistique. La Llevantina donne sa première création, Janvier d'Olivier Szulzynger, au festival d'Estagel en août 1994, et compte d’ores et déjà plus d'une douzaine de créations à son actif, toutes mises en scène par Marie-José Malis. Elle a été en résidence auprès du conseil général des Pyrénées-Orientales, puis au Forum de Blanc-Mesnil, et au Centquatre à Paris. Elle en compagnonnage avec le Théâtre Garonne de Toulouse. Parmi ses créations, on peut citer Aléthéia, des traces des grandes ombres (2001), un parcours spectacle conçu pour la forteresse de Salses. Ouvriers, Paysans (2003), sur un texte d'Elio Vittorini, a été réécrit d'après un scénario de Jean-Marie Straub et Danièle Huillet. Puis il y eut Oedipe de Sophocle de Friedrich Höderlin (2005), Enter the ghost (2007), un spectacle inspiré par le Contre la télévision de Pier Paolo Pasolini, et Le Prince de Hombourg (2009) de Heinrich von Kleist, à la dramaturgie duquel a collaboré Alain Badiou. En 2010, la compagnie a créé Un Orage serait bien beau ici, d'après La Promenade de Robert Walser, et en 2011, déjà, une pièce de Pirandello : On ne sait comment.