Alain Françon est initié comme spectateur au théâtre à la Comédie de Saint-Étienne de Jean Dasté. Il a cofondé le Théâtre Éclaté d’Annecy en 1971 puis dirigé le Centre dramatique national de Lyon, le Théâtre du Huitième de 1989 à 1992 et le Centre dramatique national de Savoie de 1992 à 1996, avant de prendre la direction du Théâtre national de la Colline à Paris de novembre 1996 à janvier 2010.

Au Théâtre national de la Colline, il réaffirme, en tant que directeur, son attachement à présenter des œuvres du théâtre moderne et contemporain : Tchekhov, Ibsen, Ödön von Horváth, Brecht, Georg Kaiser, Hans Henny Jahnn, Strindberg, Heiner Müller, Edward Bond, Michel Vinaver, Eugène Durif, François Bon, Oliver Cadiot, Daniel Danis, Valère Novarina, Roland Fichet, Enzo Cormann, Didier-Georges Gabily, Hubert Colas, Gildas Milin, Toni Negri, Jean-Luc Lagarce parmi bien d’autres. D’un tournant de siècle à l’autre, son questionnement demeure sous-tendu par une volonté d’« arracher un bout de sens au chaos du monde » et une exigence centrée sur la place première de l’auteur dans le processus de la création dramatique.

À la Colline, il a créé Dans la compagnie des hommes (deuxième version), Café, Le Crime du xxie siècle, Si ce n’est toi, Chaise et Naître d’Edward Bond, Les Petites Heures d’Eugène Durif, Les Huissiers et King de Michel Vinaver, Le Chant du Dire-Dire de Daniel Danis, Visage de feu de Marius von Mayenburg, Les Voisins de Michel Vinaver, Skinner de Michel Deutsch, Petit Eyolf d’Henrik Ibsen, , Katarakt de Rainald Goetz, Ivanov, Le Chant du cygne, Platonov et La Cerisaie de Tchekhov, e de Daniel Danis et L’Hôtel du Libre-Échange de Georges Feydeau.

Après le Théâtre national de la Colline, il crée à la Comédie-Française Les Trois Sœurs de Tchekhov et La Trilogie de la villégiature de Carlo Goldoni (L’avant-scène théâtre n° 1313-1314) ; avec sa compagnie le Théâtre des nuages de neige Du Mariage au divorce, (On purge bébé, Mais n’te promène donc pas toute nue, Léonie est en avance ou le Mal joli et Feu la mère de Madame de Feydeau), Oncle Vania de Tchekhov, Solness le Constructeur d’Ibsen et Les Gens d’Edward Bond; et au Théâtre de la Madeleine Fin de partie de Beckett.