Johanna boyé se forme d'abord au théâtre chez Véronique Nordey, puis intègre l'école des Ateliers du Sudden. Elle collabore avec plusieurs metteurs en scène en tant que comédienne avant de monter, en 2004, la compagnie Les Sans Chapiteau Fixe, structure indépendante qui se construit autour de ses mises en scène. Elle y présente Le Café des jours heureux (2007) et Le Diable en partage (2009) au Théâtre de Vanves.
En 2013, elle présente le concours Prix Théâtre 13 dont elle sera doublement lauréate, remportant le premier prix du jury et le prix du public avec sa pièce Le Cas de la famille Coleman de Claudio Tolcachir. Cette pièce rencontre un important succès à Paris et en tournée, et obtient le prix d'interprétation du Festival d'Avignon Off. Elle entame alors une belle collaboration avec Thibaud et Fleur Houdinière, producteurs d'Atelier Théâtre Actuel. Parallèlement, elle répond à des commandes de mises en scène pour d'autres structures telles que Le Mirage des Forains pour l'Académie Fratellini, Le Couronnement de Poppée pour le Théâtre de Bordeaux et Traviata pour le Théâtre des Variétés.
En 2016, elle adapte et met en scène La Dame de chez Maxim de Georges Feydeau, spectacle créé au Festival Off d'Avignon, repris au Théâtre 13 puis au Théâtre Rive-Gauche, et qui obtient trois nominations aux Molières 2017 dans les catégories meilleur spectacle musical, révélation féminine et meilleure actrice dans un second rôle. En 2018, elle met en scène Virginie Hocq et Zinedine Soualem au Théâtre Tristan-Bernard dans C'était quand la dernière fois ? La même année, Est-ce que j'ai une gueule d'Arletty ? d'Éric Bu et Élodie Menant est programmé au Festival d'Avignon Off 2018. Au cours de la saison 2019, elle met en scène Les Filles aux mains jaunes de Michel Bellier, une pièce sur l'émergence du droit des femmes, au Festival d'Avignon Off, et le nouveau spectacle de Virginie Hocq, Ou presque, à Bruxelles. En 2020, elle met en scène Le Visiteur, d'Éric-Emmanuel Schmitt, un texte qui l'avait marquée adolescente.
